Pierwszy kościół parafialny pw. Bożego Ciała pochodził z pierwszej połowy XV wieku. Powstał w 1421 roku z fundacji rodziny Modlińskich, a dokładniej dwóch braci pochodzących z Modlnej. Alberyk z Modlnej był kanonikiem gnieźnieńskim i archidiakonem warszawskim (zmarł w 1430 r.), a jego brat Benedykt był kanonikiem i oficjałem generalnym gnieźnieńskim, archidiakonem łęczyckim (zmarł w 1434 r.). Obaj opisywani byli jako mężowie niepospolitych zdolności i zasług względem kościoła i Rzeczpospolitej.
Pod koniec XV wieku kościół rozbudowano, a stojący tu obecnie powstał około 1508 roku. Jego fundator pozostaje nieznany. Świątynię pod wezwaniem Bożego Ciała i Świętego Stanisława Biskupa i Męczennika wybudowano z drzewa modrzewiowego, a całość przykryto dachem z gontu w stylu zakopiańskim. W jego wnętrzu można podziwiać ołtarze w stylu barokowym.
W roku 1586 dobudowano murowaną kaplicę w stylu gotyckim, a jej fundatorem był Mateusz Warszycki, kasztelan łęczycki. Według innych źródeł miał tego dokonać w 1600 r. Stanisław Warszycki herbu Habdank, wojewoda podlaski. Wewnątrz murowanej dobudówki znajduje się pomnik fundatora. Poza nim można podziwiać także kamienną chrzcielnicę i kropielnicę.
Kościół na przestrzeni lat kilkukrotnie odnawiano. M.in. w roku 1876, kiedy to na remont zrzucili się parafianie. W 1903 roku przy głównym wejściu do kościoła dobudowano kruchtę, wydłużono zakrystię. W 1939 roku między kaplicę a kościół spadła bomba, ale szczęśliwym zbiegiem okoliczności nie rozerwała się. Zatrzymała się na ścianie budynku tworząc w niej wyrwę. Niemcy zapisali się na kartach świątyni także dwa lata później, kiedy to aresztowali ówczesnego proboszcza, ks. Bolesława Wyrzyńskiego. Trafił do obozu koncentracyjnego w Dachau, gdzie 10 czerwca 1942 roku trafił do komory gazowej. Po aresztowaniu księdza Niemcy zamienili kościół na magazyn zbożowy. Zabrali też dzwony, z czego jeden pochodzący z 1765 roku i posiadający status zabytkowego. Po wybuchu powstania warszawskiego świątynię ponownie przemianowano, tym razem na wojskowe koszary.
Po wojnie świątynia odzyskała pierwotne przeznaczenie, a wiernych skupił proboszcz Jan Jachimek. Na przestrzeni lat wielu było zarządzających parafią, a każdy z proboszczów dołożył swoją cegiełkę do renowacji kościoła. Po wojnie proboszczowie skupili się na ponownym umieszczeniu dzwonów, organów, wymianie gontu, malowaniu. W roku 2012 dokonano kompleksowego remontu kościelnej elewacji, wymieniona została też więźba dachowa. Rozpoczął się też remont kaplicy Warszyckich.
Elementem, który wyróżnia kościół w Modlnej od innych znajdujących się w najbliższej okolicy jest sześcioboczna sygnaturka wieńcząca dach świątyni. Zakończona jest baniastym hełmem, z którego wyrasta krzyż. Wnętrza skrywają liczne malowidła ścienne, a na płótnach prezentowana jest m.in. Droga Krzyżowa i obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, pochodzący z XVIII wieku. Przez miejscowych obraz jest też określany mianem Matki Boskiej Modlińskiej. Innym XVIII-wiecznym obrazem jest przedstawienie św. biskupa Stanisława Szczepanowskiego ze wskrzeszonym piotrowinem.
