W sercu uniwersyteckiego ogrodu botanicznego rośnie okazały miłorząb japoński (gingko biloba), który na przestrzeni wieku staje się niemym świadkiem i uczestnikiem historii trojga nieznajomych. Zdeterminowana dziewczyna walczy o miejsce na wydziale botaniki, szukając w cieniu drzewa schronienia przed uprzedzeniami zdominowanego przez mężczyzn świata nauki. Samotny student, który nigdy nie zwracał uwagi na rośliny, w jego milczącej obecności odnajduje punkt oparcia po życiowym zawirowaniu. Neurolog z Hong-Kongu (w tej roli znany z filmów Wonga Kar-Waia Tony Leung) pod wpływem kontaktu z drzewem zaczyna kwestionować swoje naukowe przekonania, odkrywając głęboką więź między tym, co widzialne, a tym, co nieuchwytne.