Oba zbudowane na wzniesieniu zwanym Łysą Górką. Do Piotrkowa Bernardyni przybyli 01 czerwca 1625 roku, kościół wznieśli rok później z fundacji braci Starczewskich – Stanisława i Wawrzyńca. Początkowo był to kościół drewniany, budowę świątyni jak i kompleksu klasztornego murowanego rozpoczęto w 1632 roku. Nowy kościół jednonawowy, ozdobiony dwiema wieżami (wyższą i niższą), w stylu barokowym, pod wezwaniem Znalezienia św. Krzyża konsekrowano 16 listopada 1642 roku. We wnętrzu kościoła znajdował się ołtarz główny pod wezwaniem św. Krzyża oraz ołtarze boczne: Matki Boskiej, św. Anny, św. Antoniego, św. Bernardyna ze Sieny, św. Franciszka oraz św. Piotra z Alkantary. Z uwagi na fakt iż kościół i klasztor umiejscowiono poza murami miasta zabudowaniom tym w formie opasanego murem czworoboku nadano charakter obronny. Ponieważ na wsparcie orężne z murów miejskich klasztor mógł liczyć tylko od strony wschodniej tutaj też posiadał najskromniejsze obwarowania. System baszt i przekopów okalał zabudowania od strony południowo-zachodniej. Zarówno klasztor i kościół zostały mocno zniszczone podczas najazdu szwedzkiego w 1657 roku. Wówczas jedna z wież uległa spaleniu i runęło kościelne sklepienie. Odbudowa świątyni trwała przeszło pół wieku. W połowie XVIII stulecia kościół przeszedł gruntowną renowację, otrzymał wówczas w miejsce zniszczonych upływem czasu nowe ołtarze – Matki Boskiej, św. Anny, św. Franciszka, św. Michała oraz ołtarz główny. Dodatkowo w prezbiterium wymalowano 4 sceny Męki Pańskiej, zakrystia otrzymała polichromię pędzla Stefana Milnera, a ozdobne inkrustowane meble zakrystyjne wykonał Jakub z Prus. Wówczas wzniesiono także według projektu brata Wenantego Pensa barokową bramę prowadzącą do kościelny dziedziniec. Za udział w ruchach wolnościowych, zwłaszcza za pomoc powstańcom styczniowym władze carskie w nocy z 27 na 28 listopada 1864 roku dokonały kasacji zakonu. Klasztor powrócił w ręce Bernardynów dopiero w 1922 roku. W roku 1903 rozebrano 8-boczną basztę klasztorną, zamykającą zabudowania od strony południowo-zachodniej oraz skrzydło ogrodowe. Po II wojnie światowej kompleks klasztorny i świątynia przeszły gruntowny remont i zostały odrestaurowane. Świątynia w 1959 roku otrzymała nową polichromię figuralną pędzla Zygmunta i Ireny Acedańskich przy współudziale Władysława i Wandy Uklejów. Za najcenniejszy zabytek znajdującym się we wnętrzu bernardyńskiego kościoła uchodzi obraz Matki Boskiej Pocieszenia, zwanej także Matką Boską Piotrkowską, wykonany w XVII stuleciu, na desce z polecenia prowincjała Leonarda Starczewskiego przez jednego z kleryków.
Ciekawostka: we wnętrzach klasztoru w 1967 roku reżyser Jan Łomnicki zrealizował część zdjęć do filmu telewizyjnego Cyrograf dojrzałości z Janem Englertem w roli głównej.
