PKBWK wskazała także cztery przyczyny pośrednie. Śledczy komisji stwierdzili, że maszynista niedostatecznie obserwował semafory i był niedostatecznie skoncentrowany. Ponadto, prowadził bez okularów korekcyjnych, pomimo zaleceń lekarza okulisty. Co więcej po zdarzeniu okazało się, że brakuje adnotacji w zaświadczeniu lekarskim wydanym przez uprawnionego lekarza orzecznika kolejowej medycyny pracy o konieczności używania przez niego okularów korekcyjnych. Przedstawiciele komisji uznali także za jedną z pośrednich przyczyn wypadku niewyposażenie maszynisty przez Zakład Południowy PKP Intercity w zastępczy rozkład jazdy pociągu nr 14101 w związku z zamknięciem toru nr 1 na szlaku Rokiciny - Baby, który uwzględniał zmienione czasy przejazdu na tym odcinku.